Я бы порекомендовал использовать ProcMon - это покажет вам, какие процессы создают, читают и изменяют файлы, папки и записи реестра. Вы можете отфильтровать его по записям реестра, соответствующим определенной маске (вам придется это сделать, поскольку он очень быстро спамит со всем, что происходит на вашем компьютере).
Надеюсь, это поможет вам понять, в чем заключается ваша проблема.