Вы можете использовать Robocopy, /Lчтобы получить список всех файлов, которые не равны.
Вот строка, которую я использую (забыл, что означает большинство классификаторов, но ROBOCOPY /?объясняет их). Не забудьте сохранить /L, в противном случае он начинает копировать вещи.
ROBOCOPY /E /Z /DCOPY:T /PURGE /FP "X:\...\SourceDir" "Y:\...\TargetDir" /L