Благодаря публикации на форумах NSIS я узнал, что когда вы вручную связываете расширение файла, Explorer создает раздел реестра, который переопределяет системные настройки для этого расширения. В случае файлов NSIS этот ключ:
HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Explorer \ FileExts.nsi
Если вы удалите этот ключ, вы потеряете связь с текстовым редактором, но восстановите элементы контекстного меню после перезапуска Проводника.