FileZilla не имеет такой опции конфигурации.
Вы должны будете использовать другой клиент SFTP, который поддерживает это.
Например, мой WinSCP имеет опцию сеанса Попытка аутентификации с использованием Pageant . Та же опция, что и у PuTTY SSH-клиента. И WinSCP, и FileZilla используют код PuTTY для реализации SSH, но FileZilla не предоставляет эту опцию.