Beyond Compare - не бесплатное, но, IMHO, дешевое и стоящее, позволит вам сделать сравнение CRC (которое должно быть намного быстрее, чем MD5) или даже полное двоичное сравнение, если хотите.
При сравнении папок и подпапок вы можете настроить фильтр так, чтобы он отображал только несоответствия, поэтому, если у вас есть большое количество файлов и папок, вы можете быстро определить, есть ли какие-либо ошибки или отсутствуют.
Он также может сделать копирование / синхронизацию для вас.
Недавно я использовал его для копирования нескольких тысяч файлов и папок на FTP-сайт, а затем провел сравнение, чтобы убедиться, что все файлы были загружены правильно. При отключении Интернета некоторые файлы были загружены некорректно, но было очень легко определить, какие из них и загрузить снова.