Вы можете использовать следующий раздел реестра, чтобы изменить оболочку, запускаемую при загрузке:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon] Shell"="explorer.exe"
Тем не менее, я рекомендую вам прочитать этот вопрос ServerFault, который решает ту же проблему и имеет некоторые хорошие идеи.