1. НЕ работайте в административном аккаунте. Создайте стандартный аккаунт и работайте там. Используйте учетную запись администратора только для установки прав доступа к файлам, которые вам нужны, или для установки / удаления новых программ, или для настройки параметров системы. Если ваша учетная запись является административной, то программа может легко перезаписать все ваши ограничения, поскольку она работает и в административной учетной записи.
2. Заблокируйте исходящее соединение в брандмауэре для вашей упрямой программы в дополнительных настройках брандмауэра.
Вы можете попытаться отозвать право собственности на файлы, которые вы хотите, чтобы они были недоступны для записи, и назначить пользователя с ограниченными правами другим владельцем (не учетной записью, запускающей программу), но я думаю, что функциональность программы будет нарушена.