Сами приложения устанавливают иконку, и она не должна основываться на теме GTK. Firefox, например, жестко кодирует изображение значка. Некоторые приложения позволяют использовать его в своих файлах rc.
Для затуры вы можете изменить ~ / .config / zathura / zathurarc
set window-icon /full/path/to/image
Для Termite вы можете изменить ~ / .config / termite / config
[options] ... icon_name = terminal ...
Существует также этот красивый инструмент под названием xseticon