Накладные расходы неизбежны, хотя это становится лучше. Он все еще существует, даже если он помечен как отключенный.
Еще немного, около 10%. В Xdebug 2.2 (в настоящее время только для SVN) есть некоторые улучшения для этого с xdebug.coverage_enable = 0 --- https://twitter.com/#!/xdebug/status/50262398933798912
Лично я бы оставил Xdebug с рабочего сервера и попытался запустить его только локально. Для профилирования запуск его в режиме реального времени все еще может быть полезен, но XHProfLive был разработан с меньшими накладными расходами, не требующими операций, и поэтому я выполнял его 1 раз в 10000 вызовов в реальном времени. Большинству людей это все равно не нужно (кроме как на компьютере разработчика).