Не с ecryptfs AFAIK.
Но если вы использовали контейнер LUKS, вы могли бы использовать сжатую файловую систему, такую как btrfs или zfs.
Недостатком является то, что LUKS сначала нужен контейнер фиксированного размера (файл / раздел), поэтому, если вы заранее знаете требования к пространству, это может сэкономить пространство в целом.
Я читал о методах получения переменного размера или расширения файла LUKS с помощью файлов контейнера жесткого диска виртуальной машины ...