Надежды не имеют ничего общего с (реалистичными) ожиданиями.
Заголовок точно такой же, поэтому не может быть разницы.
Кроме того, представление Excel не является CSV-файлом, вы должны опубликовать исходные файлы в виде текста.
Следующий пакетный файл читается в заголовке и отражается в diff.
Вместо fc он использует findstr с опциями
/B compare from line begin /E compare upto line end /V output lines **not** present in compared file /G: get strings from a file
@Echo off Set "File1=June_01_2018.csv" Set "File2=June_02_2018.csv" Set "File3=June_Diff.csv" Set /P "Header="<"%File1%" ( Echo=%Header% Findstr.exe /BEV /G:"%File2%" "%File1%" )>"%File3%"
Вариант с фк
@Echo off Set "File1=June_01_2018.csv" Set "File2=June_02_2018.csv" Set "File3=June_Diff.csv" Set /P "Header="<"%File1%" ( Echo=%Header% fc "%File1%" "%File2%"|more +3 )>"%File3%"
Это оставляет только конечную линию.