Эта проблема, по-видимому, вызвана картой ключей Eclipse в IDEA, она не возникает, если вы выбираете другую карту ключей. Пожалуйста, смотрите http://youtrack.jetbrains.net/issue/IDEA-66182 .
Я также нашел решение этой проблемы, которое очень просто:
Открыть настройки | Раскладка клавиатуры, нажмите кнопку «Копировать», чтобы создать редактируемую копию раскладки клавиатуры Eclipse, в действии «Найти контекстное меню» в группе «Другие» найдите несколько ярлыков, удалите «Button3 Click» из списка ярлыков, нажмите «Применить». Контекстное меню больше не исчезнет после щелчка правой кнопкой мыши.