Насколько вы близки к заполнению максимального размера флешки? Возможно, информация в ADS заполняет ваше пространство и не дает достаточно места для остальных «обычных» файлов. Помните, что в последующие потоки файла может быть помещено не только текст. Большие файлы могут быть встроены в небольшие файлы или папки, и только потому, что Windows не показывает пространство, не означает, что его там нет. Это было бы мое первое предположение.
Даже если это не космическая проблема, похоже, ADS является виновником. Вы правы, процесс записи на DVD обычно удаляет ADS с записью только основного потока.