Если контроллер накопителя на новой материнской плате настроен на использование SATA, посмотрите, может ли он претендовать на роль контроллера PATA (многие могут).
Может случиться так, что ваша установка CentOS настроена на сканирование только физических томов на наличие LVM, /dev/hd*а не /dev/sd*- если это так, то диск, отображаемый как /dev/sdaили похожий, сделает его невидимым для настройки LVM в вашем initrd (но загрузочный компакт-диск может увидеть это как он настроен для сканирования как hd*и sd*).
Не все наборы микросхем / BIOS поддерживают отображение контроллера диска как обычный старый контроллер PATA, но многие из них (и многие по умолчанию делают это, что, как я подозреваю, имеет место с вашей старой материнской платой). В противном случае не все потеряно: вы должны иметь возможность собрать новый initrd, используя live CD, чтобы он работал, хотя это будет немного сложнее.