Итак, это нелепо легко исправить. Я чувствую себя настолько глупо и просто хочу полностью удалить мой вопрос, но я полагаю, что кто-то еще может столкнуться с этой проблемой однажды, поэтому я оставлю это.
В Krita измените размер панели инструментов.
Вот и все. Теперь у окна есть кнопка максимизации назад, и его размер можно снова уменьшить по вертикали.
Тьфу ...