Данные должны храниться в другом разделе файловой системы вашей ОС. В Linux личные данные хранятся в /home/username
папке. Когда вы запустите установщик и он попросит вас создать раздел жесткого диска, я предлагаю вам создать расширенный раздел для домашней папки.
Если вам нужно отформатировать компьютер, вам нужно сделать это только с основным разделом.
Я прилагаю вам скриншот утилиты Gparted; это показывает мой диск. Когда вы переустанавливаете ОС и у вас уже есть домашняя папка, вам необходимо будет создать новый домашний каталог для нового пользователя и связать или переместить (осторожно) все файлы старой папки в новую папку.
ОБНОВЛЕНИЕ
Исходя из моего опыта, лучше иметь эксклюзивный раздел для вашего /home
(Linux) или D:\
(Windows). И в Windows, и в Linux, в вашей папке с данными, будут создаваться некоторые файлы (в основном скрытые файлы), которые могут вызвать некоторые проблемы, если вы не будете осторожны при перемещении старых файлов в новую папку (при переустановке ОС).,
Я пять раз переустанавливал свой Linux, не трогая свои личные данные, и без проблем делюсь ими с Win7 :)