Да, это будет. Каждый раз, когда вы завершаете загрузку чего-либо, вы увидите, что в окне загрузки выполняется проверка на вирусы.
В любом случае, защита в режиме реального времени в Security Essentials сработает, даже если вы используете другой менеджер загрузок или переходите с Firefox на сайты, которые могут содержать вредоносное ПО. Действия, которые они могут попытаться выполнить на вашем компьютере, будут проанализированы MSE, и это полностью не зависит от используемого вами браузера.