Этот предыдущий вопрос, кажется, дает решение: вы можете использовать Devil's Pie для программного перемещения окон вашего приложения в правильные рабочие пространства на основе определенных свойств (имя программы, заголовок окна и т. Д.)
Если вы хотите полностью динамическое поведение, вы, вероятно, можете запустить сценарий во время выхода из системы, в котором будет записано, какая программа находится в какой рабочей области, но сам я не использовал Devil's Pie, но я не уверен, сколько это будет стоить.