Первое, что нужно сделать, это создать образ вашего диска на новый, чтобы вы не работали с плохой копией. GNU ddrescue хорош для этого, потому что он справляется с плохими секторами.
После того, как вы запустите это, в зависимости от того, насколько сильно поврежден образ, вы сможете извлечь файлы с liveCD (например, Knoppix); или вам может понадобиться специальный инструмент. Парень по восстановлению данных, с которым я работаю, клянется GetDataBack (NTFS-версия, в вашем случае), он не бесплатный, но если он может извлечь ваши данные, это стоит вложений, поскольку это может произойти снова когда-нибудь ..
Если это важные для бизнеса данные, не пытайтесь сами - отнесите их профессионалу.