Если хакеру удастся установить что-либо на ваш сервер, у вас возникнут гораздо большие проблемы, чем утечка пароля ...
При этом FTP действительно очень небезопасный протокол, и вам, вероятно, стоит взглянуть на FTPS, который, проще говоря, является версией FTP с шифрованием SSL.