В этом контексте шифрование ничего не сделает для защиты ваших файлов. вам нужны регулярные резервные копии.
Если во время работы вредоносной программы монтируется том truecrypt, а пользователь, под которым выполняется вредоносная программа, имеет права на запись в том, вредоносная программа может повредить файлы так же, как если бы они были незашифрованными. Даже если программа не подключена, вредоносное ПО может повредить файл .tc тома или даже выполнить операции на диске на уровне раздела или на уровне raw.
Шифрование помогает с точки зрения вредоносного ПО - это эксфильтрация данных. если вредоносная программа хочет украсть ваши данные, шифрование поможет, но имейте в виду, что если том смонтирован, вредоносная программа может прочитать его, даже если он зашифрован в покое.
Другой способ, которым шифрование используется в области безопасности, состоит в том, чтобы изолировать и содержать образцы вредоносных программ при проведении исследований. Шифрование файла помогает гарантировать, что он не может быть случайно выполнен. Не совсем то, что делают нормальные люди, но стоит отметить.