Нет абсолютно никакой причины, по которой это должно быть проблемой, за исключением ситуации, которую вы уже отметили, что ваш метод «легкого восстановления фабрики» будет удален.
Большинство OEM-производителей должны предоставить способ перенести ваш раздел восстановления заводских настроек на USB-интерфейс или иным образом сделать доступным загрузку или DVD-диск, если вы хотите восстановить их версию.
Лично я просто загрузился бы с установочного носителя Windows, удалил разделы, а затем позволил Windows создать нужные разделы. Скорее всего, он создаст загрузочный раздел efi объемом 500 МБ, но это должно быть единственным реальным (незначительным) отличием от вашей схемы.