Я получил ответ от разработчика n2n, поэтому выкладываю его здесь.
То, что я наблюдаю, является следствием того, что узлы не могут установить P2P-соединение. Это связано с тем, что обратное туннелирование UDP заблокировано на некотором этапе. В этом случае трафик возвращается к пути с участием суперузла.
Что касается альтернатив, вот что я нашел (не проверено):