Как указывает @iTechieGamer, задача планировщика задач решает проблему:
schtasks /create /sc onlogon /tn MySoftware /rl highest /tr "C:\Program Files\MySoftware\launchit.bat"
(это нужно сделать с помощью cmd.exe, запущенного от имени администратора!)
с этим launchit.bat
:
cd "C:\Program Files\MySoftware\" start /realtime mysoftware.exe