Простое решение - использовать tar для ежедневного резервного копирования. И я предлагаю вам делать полные резервные копии каждый день, потому что резервное копирование веб-сайта обычно не большая работа (несколько минут для полного резервного копирования). В любом случае, для вашей базы данных (файл .sql) у вас просто нет выбора сделать полную резервную копию.
tar cvf /srv/backup/backup.tar /website/directory