Если вы не используете JRE 1.4.2, удалите его. Вы не упомянули, какую операционную систему вы используете, поэтому могут быть некоторые проблемы, связанные с ОС, которые требуют особого внимания. Например, в новых версиях Ubuntu вы должны запустить
sudo update-alternatives --config java настроить Java.
Если 1.6.21 находится на вашем пути, и java -version в терминале сообщает, что вы написали, проверьте ваш путь. 1.4.2 находится в нем до 1.6.21. Очевидное решение - удалить старую версию из пути или поместить новую перед старой.