У меня была та же проблема, и я нашел решение здесь в посте hnyman :
Я решил проблему, войдя в консольный режим (Ctrl-Alt-F1) и войдя в Ubuntu с этой консоли, затем вручную создал точку монтирования для компакт-диска и подключил компакт-диск Guest Additions, и, наконец, запустил сценарий дополнений Guest, Это решило проблему.
sudo mkdir /media/cdrom sudo mount /dev/cdrom /media/cdrom/ sudo /media/cdrom/VBoxLinuxAdditions.run
Таким образом, может быть целесообразно удалить Guest Additions перед обновлением с 10.10 до 11.04, поскольку старая версия может помешать обновленной системе загружаться должным образом на рабочий стол.
Ps. После включения 3D-ускорения в настройках гостевой системы VirtualBox Unity загрузилась нормально, но я решил пока остаться на старом классическом рабочем столе.