Можете ли вы выровнять слои до их объединения? (Выбрав соответствующие слои вместе, но объединив их после выравнивания.) Я знаю, что это, вероятно, очевидный. :(
(Я только что подтвердил, что эта ошибка возникает на моем компьютере с использованием Adobe Photoshop CS2.)