Проблема заключается в том, что версия System V IPC fakeroot
не работает должным образом в этой версии Windows.
Решение состоит в том, чтобы выполнить команду:
sudo update-alternatives --set fakeroot /usr/bin/fakeroot-tcp
После того, как вы выполните команду один раз, она mk-build-deps
будет работать, как и ожидалось, навсегда.
(Мой ответ основан на посте пользователя Hacker News "danieldk".)