Raid6 может быть причиной некоторых ваших проблем. Переключитесь на рейд 10, если можете, и посмотрите, улучшится ли он. http://wintelguy.com/raidperf.pl показывает снижение производительности ~ 15% с raid6 по сравнению с raid1. Рейд 10 должен быть значительно быстрее. Также есть случаи, когда raid6 имеет более заметный эффект. https://blog.storagecraft.com/raid-performance/
Не исключаю, аппаратный сбой, этот сервер довольно старый, я бы запустил memtest и посмотрел, есть ли у вас проблемы. Возможно, происходит сбой жесткого диска, я бы проверил журналы SMART. За прошедшие годы операционные системы были оптимизированы, поэтому есть шанс, что это тоже сыграет свою роль.