Чтобы привести конкретный пример: я создаю лист спрайта размером 240x240 (лист 5x5 со спрайтами 48x48) и перетаскиваю в него файл PNG 48x48, размер вставляемого изображения изменяется (в данном случае в 2,5 раза) 120x120).
Все это звучит странно, но также очень знакомо. Для меня это звучит как какое-то несоответствие DPI между изображениями.
Значение изображений, которые вы пытаетесь перетащить в окно рабочего пространства Photoshop, может иметь более высокое значение DPI, чем фактическое рабочее пространство Photoshop.
Я бы порекомендовал вам изменить DPI изображений, чтобы они соответствовали друг другу на некотором уровне; либо одно изображение получает более высокое значение DPI, либо другое получает более низкое значение DPI, но оба они должны иметь одинаковое значение DPI, а затем пытаться перетащить их снова.