Для остановки (как и для ручного запуска) требуется параметр --config.
Если вы запустите sphinx командой searchd --config=file
, вы можете остановить его командой searchd --config=file --stop
. Попробуйте определить свой аргумент команды запуска.
PS Лучше поздно, чем никогда :)
Вы также можете отправить сигнал убить -9