Вы путаете некоторые вещи:
Индексатор СЧИТАЕТ ваши данные MySQL через соединение с сервисом MySQL, а не путем чтения файлов MySQL.
Ваш индекс будет находиться в наборе хранилищ данных Sphinx в Sphinx conf для каждого индекса с параметром пути.
index myindex{ source = ... path = /path/to/your/sphinx/data }