Пока ваша система настроена на загрузку с вашего SSD, все будет в порядке.
В нашем домене мы делаем это постоянно: когда мы заменяем или модернизируем операционную систему, мы перемещаем старый жесткий диск во вторичный порт SATA на рабочем столе. На новом диске ОС мы создаем ярлык на Общедоступном рабочем столе, который указывает на папку «Пользователи» на старом жестком диске, чтобы конечные пользователи могли легко получить доступ к накопленным личным файлам и папкам.
Суть в том, что это не должно быть проблемой.