Эта информация была получена с этой доски объявлений. http://forums.techguy.org/business-applications/695618-outlook-2003-mark-read-rule.html
Метод, который работал для меня, был таким, как указано в теме на сайте выше.
Настройте правило, разделив его на два отдельных правила.
Правило 1 должно пометить сообщение как прочитанное. Правило 2 должно переместить сообщение в определенную папку.
Вы должны быть уверены, что правила перечислены в указанном порядке (правило 1 отображается перед правилом 2).