Вы можете изменить command
запись в реестре, чтобы добавить параметр:
C:\Users\Me\Batches\make_dir.cmd "%1"
и затем используйте этот параметр в командном файле:
cd /d "%1" md SomeDirectory md SomeOtherDirectory
Что касается путаницы, я предполагаю, что рабочий каталог процесса, который запускается для команды оболочки, никогда не указывался, поэтому это может быть что угодно. А в Windows 7 появились библиотеки, которые, вероятно, могли привести к тому, что папки находятся в «непутевых путях».