Разница между этими двумя снимками экрана состоит в том, что ваша версия Nautilus использует GTK + 3.x для своего графического интерфейса, в то время как Firefox использует средство выбора файлов из GTK + 2.x, и эти версии GTK используют несовместимые форматы тем. Ваша текущая тема GTK не поддерживает GTK3, поэтому вы видите встроенную настройку по умолчанию (также известную как «Роли»).
Установите gnome-themes-standardпакет, затем отредактируйте ~/.config/gtk-3.0/settings.ini:
[Settings] gtk-theme-name=Adwaita