Причина, по которой вы заразились, скорее всего, связана с тем, что VPS был подключен напрямую к Интернету без приличного брандмауэра, в сочетании с отсутствием установки всех исправлений / обновлений безопасности перед непосредственным подключением к Интернету.
Скорее всего, какой-то другой VPS или сервер в том же центре обработки данных заражен, что означает, что он может очень быстро найти и атаковать любые незащищенные серверы в той же области.