У некоторых оконных менеджеров возникают проблемы с изменением разрешения экрана - в некоторых случаях это может привести к тому, что окна будут отодвинуты от экрана: Remote X - одно из них, отключение монитора - другое.
Максимизируя Окно (или перемещая окно в видимую область), вы можете исправить его, большую часть времени навсегда.
Кстати: это не имеет ничего общего с моно.