Двухфакторная аутентификация обычно не работает для каждой машины - она работает для каждого клиента. Когда вы входите в GitHub с помощью веб-браузера, это веб-браузер, который запоминает файлы cookie с информацией об авторизации и статусом 2FA. мерзавец не знает об этом.
Чтобы протолкнуть HTTP (S), вам потребуется сгенерировать вторичный пароль («личный токен доступа») на странице настроек приложения GitHub (используйте кнопку «Создать новый токен»). Обратите внимание, что git может запомнить «пароль», если вы не хотите каждый раз вводить его заново / вставлять.