Строго говоря, вам не нужно вносить изменения в код с формой, только туда, куда отправляется форма - и да, вы переименовываете ее в PHP и помещаете в нее активные элементы. Тем не менее, вы можете написать весь PHP как один файл, так как это упростит проверку ошибок и повторную отправку.
Вопрос о правильном коде является широким для SU, и является одним из мнений. Это также зависит от требований вашего приложения и сложности. Вопрос на самом деле является скорее вопросом «общего программирования», и на самом деле не поддается ответу SU.