Согласно этому http://www.debianitalia.org/forum/varie/boot-molto-lento-su-debian-sid?page=1 (итальянская ссылка, тот же ОП), эта проблема связана с недавним изменением того, как Ядро Linux обрабатывает случайные числа. Вместо того, чтобы давать не столь случайное число, которое было бы небезопасным, оно ждет, пока система не сгенерирует достаточно энтропии. Обходные пути для этого: перемещение мыши во время процесса загрузки (что ускорит генерацию энтропии) или установка hasged (генератор энтропии).
В то время как OP matteo уже получил свой ответ по вышеуказанной ссылке, я публикую здесь, чтобы иметь английскую версию для других с той же проблемой.