Gzip и bzip2 функционально эквивалентны. (Когда-то был bzip, но, похоже, он полностью исчез с лица земли.) Другие распространенные форматы сжатия: zip, rar и 7z; эти три файла выполняют сжатие и архивирование (упаковывая несколько файлов в один). Вот некоторые типичные оценки с точки зрения скорости, доступности и типичной степени сжатия (обратите внимание, что эти оценки несколько субъективны, не воспринимайте их как Евангелие):
decompression speed (fast > slow): gzip, zip > 7z > rar > bzip2 compression speed (fast > slow): gzip, zip > bzip2 > 7z > rar compression ratio (better > worse): 7z > rar, bzip2 > gzip > zip availability (unix): gzip > bzip2 > zip > 7z > rar availability (windows): zip > rar > 7z > gzip, bzip2
Как видите, нет явного победителя. Если вы хотите полагаться на программы, которые, вероятно, уже установлены, используйте zip в Windows (или, если возможно, самораспаковывающиеся архивы, поскольку Windows не поставляется с любым из них) и gzip в unix. Если вы хотите максимальное сжатие, используйте 7z.
Rar также имеет недостаток в том, что, насколько мне известно, не существует свободного программного обеспечения, которое создает RAR-архивы или может распаковать все RAR-архивы. Другие форматы имеют свободную реализацию и не имеют (серьезных) патентных претензий.