Если при загрузке монтируется не та файловая система, вам нужно отредактировать конфигурацию grub. Вы можете попробовать следующее:
update-grub
В зависимости от того, какая у вас версия grub, сгенерированный конфиг будет в /boot/grub/menu.lst
или /boot/grub/grub.cfg
; Я предполагаю, что у вас есть последнее (более новая вариация для grub2). Проверьте конфигурацию для строк, как --set=root uuid...
, посмотрите, если они правильные. Если нет, отредактируйте файл (игнорируя комментарий, чтобы не редактировать его) и перезагрузите компьютер. После этого, правильная корневая файловая система должна быть правильной и сделать update-grub
снова, теперь конфигурация должна быть правильной.