При запуске Windows из файловой системы FAT32 безопасность на основе файловой системы отсутствует (для этого вам нужна NTFS).
Как следствие, такая установка Windows будет открытым приглашением для любого вируса / вредоносного ПО на планете.
Таким образом, запуск Windows из Fat32 полезен только для установочного носителя. И Microsoft никогда не удосужилась добавить в стандартные утилиты Windows опцию записи MBR на съемный носитель FAT32.
Но это легко сделать самостоятельно, используя сторонние утилиты формата USB-флешки.