Я хотел бы добавить это как комментарий к ответу grawity, но мне не хватает представителя. Хотя он (ы) прав, что в неправильном часовом поясе не учитывается наличие секунды с именем «60» (т. Е. Вы не увидите метку времени 23:59:60), ядро Linux все равно должно вставить вторая секунда, повторяя секунду 59 дважды (см. здесь для получения дополнительной информации). Так что вы должны увидеть повтор отметки времени 23:59:59. Я воспроизвел то, что вы видите, так что вы не сумасшедший, но я все еще пытаюсь понять, почему.
Одна вещь, которую нужно проверить, это то, что ваш локальный демон ntp определенно вставляет отложенный флаг ожидания (либо проверяя LI = 1 в пакете, используя Wireshark или аналогичный, либо используя эту команду ntpq:
ntpq -c 'lassoc' -c "mrv &1 &999 leap,srcadr,stratum"
Ищите прыжок = 01. Мой так расследования еще продолжаются ...