Для начала вы, вероятно, использовали NTFS-3G, которая реализована в пользовательском пространстве, а не в ядре. Это само по себе означает, что при использовании NTFS вы по крайней мере удвоили переключение контекста по сравнению с ext4.
Кроме того, я не могу особо комментировать, в чем может быть проблема, кроме упоминания о том, что, основываясь на моем собственном тестировании, NTFS, по-видимому, не очень эффективно обрабатывает разреженные файлы в LInux, используя NTFS-3G или ядро. родной драйвер (который почти никто не использует, потому что NTFS-3G имеет гораздо лучшую общую поддержку).