FileZilla использует набор инструментов PuTTY для реализации SSH. PuTTY поддерживает использование открытых ключей, так же как и FileZilla по умолчанию. Это так же просто, как загрузить и запустить Pageant и импортировать ваш ключ или создать новый с помощью PuTTYgen .
Вы также можете вручную указать файл ключа, используя пункт меню Edit -> Settings в настройках соединения.