Вы можете использовать http://freeimage.sourceforge.net/, который будет работать с .NET:
FreeImage - это проект библиотеки с открытым исходным кодом для разработчиков, которые хотели бы поддерживать популярные форматы графических изображений, такие как PNG, BMP, JPEG, TIFF и другие, в соответствии с требованиями современных мультимедийных приложений. FreeImage прост в использовании, быстр, безопасен для многопоточности, совместим со всеми 32-битными или 64-битными версиями Windows и кроссплатформенен (работает как с Linux, так и с Mac OS X).
Также см. Http://www.neowin.net/forum/topic/369150-how-to-convert-a-24-bit-rgb-bmp-to-8-bit-grayscale/