Попробуйте отредактировать палитру с помощью IrfanView или любой сложной программы для редактирования изображений. Где-то должен быть флажок для «прозрачного фона».
Если вы не можете найти какой-либо инструмент, который работает, возможно, вам придется копать глубже и редактировать двоичный файл. http://www.u229.no/stuff/gifformat/ объясняет формат данных: Интересная часть - это Расширения управления графикой, которые содержат индекс прозрачного цвета и флаг прозрачного цвета в упакованном поле.
Осторожно: каждый кадр может иметь свой собственный GCE. Но каждый блок начинается с сигнатуры из трех байтов \x21\xf9\x04, поэтому их легко отследить.
Следующий байт после подписи является упакованным полем; бит 0 - флаг прозрачного цвета. Поэтому ищите \x00\x21\xf9\x04, если значение следующего байта четное: добавьте единицу (установите бит 0 в этом байте).
Сохраните файл, и фон должен быть прозрачным на всех кадрах.
Или ... только что нашел ... взгляните на эту тему: Как сделать прозрачный фон для анимации GIF?